斐迪南再次求助于华伦斯坦，华伦斯坦意识到古斯塔夫过度扩张并在菲尔特站稳了脚跟，在那里他可以威胁到他的补给线。

战争中最大规模的战役发生在8月下旬，当时对城外帝国营地的一次进攻被血腥击退，这可以说是古斯塔夫在德意志战役中犯下的最大错误。

两个月后，瑞典人和帝国人在吕岑会面，双方伤亡惨重。一些瑞典部队损失超过60%，而华伦斯坦的副手帕彭海姆和古斯塔夫斯本人则被杀。

战斗一直持续到黄昏时，华伦斯坦撤退，放弃了他的大炮并受伤。尽管他们输了，这让瑞典人声称胜利，尽管结果仍然存在争议。

古斯塔夫死后，瑞典的政策由他极其能干的首相阿克塞尔·乌克森谢纳指导。

1633年4月，瑞典人和他们的德意志盟友在法国人的资助下成立了海尔布隆联盟，并于7月在奥尔登多夫击败了由巴伐利亚将军布隆克霍斯特-格隆斯菲尔德领导的帝国军队。

吕岑战役严重影响了华伦斯坦的声望，而他的国内反对者则声称他未能支持布隆克霍斯特-格隆斯菲尔德。1634年2月，斐迪南皇帝下令逮捕他，再加上他准备改变立场的谣言。25日，他在埃格被自己的军官暗杀。

华伦斯坦和他的组织使斐迪南皇帝依赖西班牙获得军事支持，他们主要关心的是重新打开西班牙之路以对抗荷兰人。这意味着战争的焦点现在转移到了莱茵兰和巴伐利亚。

1634年9月2日，新任命的西班牙尼德兰总督奥地利红衣主教斐迪南在意大利召集了一支人的军队，并于1634年9月2日在多瑙沃特遇到了人的帝国军队。

三天后，他们在诺德林根取得了决定性的胜利这摧毁了瑞典在德意志南部的权力并导致他们的德意志盟友叛逃，他们现在试图与皇帝和解

瑞典军队由国王古斯塔夫二世·阿道夫率领，与勃兰登堡和萨克森选帝侯联合。在1631年9月17日，于布赖滕费尔德会战打败了神圣罗马帝国的军队，占领了波美拉尼亚。

1632年初，神圣罗马帝国军的统帅蒂利伯爵在莱希河战败身亡。瑞典军占领美因茨，在4月再攻陷奥格斯堡和慕尼黑。

神圣罗马帝国皇帝在这危急存亡之际，再度起用原被贬斥的华伦斯坦为统帅，在该年11月与瑞典军进行吕岑会战，可是瑞典再度获胜。

瑞典军的主帅古斯塔夫二世国王亦阵亡，从此瑞典军丧失进攻能力，而华伦斯坦则退回波希米亚，后来因为被神圣罗马帝国皇帝所猜妒，遭其派刺客暗杀。

神圣罗马帝国皇帝借此机会联合西班牙盟军，在1634年9月于第一次诺德林根会战大败瑞典军，逼使瑞典军撤回波罗的海沿岸。

萨克森与勃兰登堡则于1635年5月与神圣罗马帝国皇帝签订《布拉格和约》。战争第三阶段-瑞典阶段以哈布斯堡皇帝获胜而告结束。