战争的结果则是越南被强而有力的分裂成南北两部分，郑氏控制了大部分的北方而阮氏割据了大部分的南方。双方的分界线在广平省的??江上。这条疆界与北纬十七度线非常接近（实际上，就在广治省南方的海河才是分裂时南北越的分界线）。

相较于郑氏政权统治了人口稠密得多的领土，阮氏也具备一些优势。首先，他们处于守势的地位。

其次，阮氏在他们与欧洲人、尤其是葡萄牙人的接触中获益，得以购置较先进的欧洲军备，在城防中雇佣欧洲的军事专家。第三，地理形势对他们有利。大规模有组织的军队仅适合平原旷野，而此种地点在越南十分希少，山岳几乎挤进了海里头。

在首批攻势之后，阮氏建立了两条主要的堡垒线，横亘在山海间的几英里平地中。城墙竖立在顺化北方的洞海附近。阮氏在这条线上抵御了郑氏无数次的攻势直到白马军到来。

在此期间的故事主要展开于越南将军陶维慈身上。他为阮氏所赏识，由后者从郑氏的宫廷中挖角而来。在越南，阮氏政权防御工事的成功设计被认为是他的功劳。

郑氏为了对抗这几道墙，前后征集了十万名士兵，五百头战象与五百艘战船。对阮氏城墙防御的首度攻击未能奏效，攻击持续了数年。

1633年郑氏发动了一场两栖突击，企图迂回阮氏的城防工事。阮氏于日丽海战中击败了郑氏的舰队。

大约1635年左右，郑氏仿效阮氏转而寻求欧洲人的军事援助。郑梉招募了荷兰人，为其军制造火炮与船舰。

郑氏再度对阮氏的城防工事发动攻击；在荷兰人火炮的帮助下，郑军虽然攻破了第一道城墙，但在攻击第二道防线时失败收场。

在海上，尽管有荷舰奇威（Kievit）、纳雪嘉勒（Nachtegaels）、威肯德·布克（woekende book）助战，郑军依然败给阮氏的舰队与葡萄牙船舰。

郑梉还计划了另一场攻势，然而在长育垒（truong duc）战役中，御林军为阮氏所痛击。刚即位的黎真宗维佑死于此时前后，或许肇因于这场败仗。这也终于为阮氏开启了发动攻势的大门。

经过多年的南北对峙，两个政权都日趋腐败。南方广南阮氏统治的归仁府西山邑，爆发大规模民变，领导这次民变的是阮岳、阮惠和阮侣三兄弟，由于他们在西山邑起兵，故称为西山朝。

各地不满广南阮氏的民众纷纷加入西山三兄弟的起义军中，以至广南阮氏节节败退。当时北方郑氏的领袖郑森见广南大乱，乘机派兵南下，并利用西山阮氏兄弟的部队作先头部队，进攻广南阮氏，而郑军退守顺化，欲取渔人之利。

广南阮氏全面被西山阮氏击溃，阮主被斩杀，其宗亲阮福映流亡暹罗，广南阮氏灭亡。西山阮氏平定南方后，将矛头指向北方的郑氏的统治者，郑氏统治者郑森逝世后，两名儿子郑棕与郑檊争权，结果郑棕取胜，并杀害支持郑檊的大臣。

其中一个支持郑檊的郑氏重臣阮有整南投西山朝，令阮氏兄弟动悉郑氏的虚实，西山大军北伐直捣昇龙，郑氏领袖郑棕兵败无奈投降了白马军，种花家皇帝派出李岩轻松拿下湄南河，西山军惨败后逃亡，最终在柬埔寨被全部击杀。