1940年7月，扶桑成立近卫内阁，改组国内产业，扩充军需生产，加强推行经济军事化。1941年12月太平洋战争爆发后，扶桑按战时需要加快了金融机构的改组。首当其冲的是扶桑银行。1942年2月开始改组扶桑银行，明文规定扶桑银行对官府提供无限制无担保贷款，并承购应募业务，即扶桑银行必须无止境地保证财政资金的供给。管理通货制度作为永久性制度被固定下来，官府对扶桑银行的监督进1步强化。官府具有任免、监督扶桑银行官员的权力，在必要时有权命令扶桑银行开展必要的业务。1942年4月公布了《金融统制团体令》，并据此成立全国金融统制会，把扶桑所有的金融机构置于官府的统制之下。全国金融统制会只是个形式，实际上还是由扶桑银行具体执行。1942年2月设立战时金融金库，以发行由官府保证偿还本息的债券为主要资金来源，为扩充军需生产解决由其他金融机构难以提供的资金。1945年3月地方银行出资设立共同融资银行，目的是插足中央金融市场，集中游资用于军需产业。但大银行不欢迎地方银行的积极发展。1945年5月紧接着成立资金统合银行，把共同融资银行并入该行。扶桑银行为资金统合银行承付了大部分资本金。资金统合银行从普通银行、特殊银行、信托公司、保险公司及其他金融机构吸收游资，集中起来通过扶桑兴业银行等大银行（即所谓军需融资指定金融机构），再贷给军需产业。这种做法进1步加强了大银行对军需产业融资的垄断地位，也助长了金融机构吸收资金和融通资金职能分化的倾向。此外，为了控制外汇金融业务，1942年2月根据特别法设立了南方开发金库，为防止国外通货膨胀波及扶桑内地，1945年2月设立了外资金库。

这1时期扶桑官府推行的经济、金融政策，不仅使经济、金融活动纳入战时轨道，而且大大促进了银行资本的集中和金融机构的合并。1931年末全国银行数量为811家，1932年末锐减为538家，1941年末又减为181家，1945年末仅剩下58家，基本确立了马场大藏相提出的所谓“1县1行主义”。从1931年末至1940年末，十年内商业银行由680家减至286家，农工银行由19家减至5家，部分农工银行并入扶桑劝业银行，特殊银行由26家减为12家，储蓄银行由88家减至71家，而到战争结束时仅剩下4家。银行的合并使其存款和贷款大大增加。以普通商业银行为例，从1941年至1947年末，其存款从294亿日元增至1343亿日元，贷款从151亿日元增至610亿日元，都翻了几番。1943年以后，扶桑官府为挽回败局，实行无限制的通货膨胀政策，不惜牺牲1切厉行军需生产，这使储蓄银行更难经营，并纷纷转为商业银行，而商业银行也开始兼营储蓄银行和信托公司的业务。

与此同时，财阀银行趁机急速扩张。2战结束时，扶桑国5大财阀银行的存款和放款分别约占全国商业银行的50%和70%，在金融界的垄断地位十分突出。

另外，在1941年10月增设了定额存款制度，并实施奖励，从而使邮政储蓄迅速增加，通过利用大藏省存款局资金，维持了短期拆借利率，并增强了官府战时的统制能力和对金融市场的影响。1943年建立了汇兑集中清算制度，以解决战时异地的清算。在此期间，短期资金市场和证券市场都处于强化统制之下，市场机能被抑制，市场呈现萎缩状态

扶桑战后经济恢复阶段是从1945年至1955年。2战后的扶桑经济1片混乱，通货膨胀问题十分突出。1946年2月，扶桑政府公布了“金融紧急措施令”和“扶桑银行券存入令”，目的是冻结剩的购买力。这些非常措施的实行，短时期内迅速控制住了通货膨胀的发展，但是仅冻结了旧的储蓄存款和银行券，无法抑制新的信用创造和通货增发。所以从长远看，这些措施仍不足以制止通货膨胀的恶化趋势。与此同时，扶桑官府开始在经济领域进行改革，并要求金融业积极配合，扶桑官府确定了优先发展的产业顺序，对煤炭、钢铁等生企业实行重点倾斜，规定城市金融机构的融资来源限于储蓄存款资金，控制其从扶桑银行获得信用融通，城市银行发放贷款须根据官府确定的产业顺序分别实行优先贷款或控制贷款。

霉国从1947年起开始改变限制扶桑发展的方针，并提供大量援助扶植扶桑经济自立。扶桑官府利用此机会建立了复兴金融金库，并利用霉国的援助对重点工业提供大量的官府资金。这些都大大促进了扶桑经济的恢复。

根据ghq1945年9月发布的命令，韩国银行、台岛银行、资金统合银行、战时金融金库、南方开发金库和外资金库等纷纷被关闭或清理，横滨正金银行也被指定为关闭机构，后转变为东京银行。其他特殊银行或转为普通商业银行，或转为债券发行银行。战前的信托公司和储蓄银行也转为兼营银行业务的信托银行和普通商业银行。1948年8月ghq非正式提出“关于根据新立法对金融机构实施全面改革的备忘录”，同年12月又公布了旨在1举制止通货膨胀的“经济安定9原则”。随后，在1949年开始实施“道奇计划”。所谓“道奇计划”，是霉国底特律银行董事长、ghq财政金融顾问道奇提出的治理方案，其主要目的是1举根除通货膨胀，实现财政平衡，稳定日元，实现1美元等于360日元的单1汇率。由于实行“道奇计划”，加上扶桑银行实施融资管理，对融资活动直接干预，在执行利率政策方面采取灵活措施等，终于在1952年以后制止住了持续多年的通货膨胀，战时形成的管制经济体制开始瓦解，经济进1步恢复，景气循环形成。1950年6月韩战正式爆发，巨额的特需订货刺激了扶桑经济的繁荣。1952年4月对日媾和条约开始生效，扶桑经济顺利恢复，至1955年时扶桑经济活动的规模已恢复到2战前水平。经济的迅速恢复为金融制度的整顿和重建创造了适宜的环境。1953年10月，扶桑银行针对当时经济过渡扩张而引起的物价上涨，实施了金融紧缩政策——这是2战后扶桑金融业走向正常化的1个重要标志。